В 1998 году в Малайзию поставили 18 МиГ-29СЭ и МиГ-29УБ, сосредоточенных в 17-й и 19-й эскадрильях ВВС. Интенсивная их эксплуатация позволила выявить сильные и слабые стороны. В частности, во многих сообщениях отмечалась хорошая антикоррозийная защита элементов планера, что в условиях влажного и жаркого климата немаловажно. С другой стороны, оставляли желать лучшего параметры PJ1C. Учитывая это, а также желание заказчика увеличить дальность и продолжительность полета, началась модернизация самолетов. В частности, установили новую РЛС и устройство для дозаправки топливом в полете, стыкующееся с американским оборудованием. Рассматривался и вариант дооснащения самолета ракетами РВВ-АЭ, но его так и не реализовали.
В 1990-е годы летчик-испытатель РСК «МиГ» Павел Власов провел обучение малайзийских пилотов приемам дозаправки топливом в полете от танкера КС-130. Причем обучение проходило на одноместных машинах по принципу «делай как я».
Доработанные машины получили обозначение МиГ-29СД. За время эксплуатации ВВС Малайзии потеряли два МиГ-29. Первый из них потерпел аварию 3 сентября 1998 года вследствие ошибки летчика, а второй — 9 ноября 2004-го из-за пожара в силовой установке. В обоих случаях пилоты удачно катапультировались.
В октябре 2009 года Министерство обороны Малайзии объявило о снятии к концу 2010 года с вооружения истребителей МиГ-29 ввиду постоянно растущей стоимости их обслуживания и эксплуатации. Причина того печально проста. Российские предприятия не выполнили своих обещаний, неоднократно срывая сроки поставки запчастей. Не был создан многократно обещанный центр технического обслуживания в Индии, откуда оперативно могли бы доставляться запчасти во все страны региона, эксплуатирующие «МиГи».
В свое время Малайзия приобрела «МиГи» по сравнительно небольшой цене, но стоимость их обслуживания и запчастей оказалась весьма высокой. Выведение МиГ-29Н из эксплуатации, по мнению малайзийских специалистов, должно было ежегодно экономить до 75,4 миллионов долларов.
К тому времени в П ВО Малайзии эксплуатировалось десять МиГ-29, и к концу 2010 года их число предполагалось сократить до шести. При этом сообщалось, что задачи, возлагавшиеся на МиГ-29, будут решать 18 истребителей Су-ЗОМКМ.
Но спустя несколько месяцев правительство Малайзии объявило об отмене планов по снятию с вооружения десяти «МиГов» и временном отказе от тендера на поставку истребителей для их замены из-за финансово-экономического кризиса.
Согласно предварительной оценке, малайзийские МиГ-29 прослужат как минимум до 2015 года.