С момента своего появления В-29 постоянно развивался и модернизировался. Его развитие шло в двух направлениях: с одной стороны, повышались летные данные при одновременном технологическом совершенствовании, с другой — создавались новые модификации, расширявшие круг задач, выполняемых самолетом.
Сочли, что выпуск В-29 можно значительно увеличить, если центроплан крыла сделать с разъемом у корня. Расчеты показали, что это увеличит массу пустого самолета на 450 — 610 кг, но позже уточнили, что прибавка составит около 320 кг. Это сочли приемлемым; так появилась модификация В-29А. За счет изменения конструкции центроплана размах крыла увеличился примерно на 0,3 м. Стыковочные узлы повлекли за собой уменьшение объема бензобаков на 795 л. Для сохранения прежней дальности полета потребовалось поставить третий (два предусматривались и на В-29) дополнительный топливный бак в бомбоотсеке. Это, в свою очередь, при полетах на предельный радиус действия существенно уменьшало бомбовую иафузку.
Вот так стремление улучшить технологию производства без тщательного изучения последствий резко ухудшило тактические характеристики самолета. Тем не менее, В-29А строили серийно на заводе «Боинг» в Рентоне под Сиэтлом (как В-29А-В. Они имели двигатели R-3350-57, -57А или -59. На самолетах устанавливалась верхняя передняя турель с четырьмя пулеметами и кормовая установка без пушки. Всаго выпустили 1119 В-29А.