Первый УВ-29 переделали под двигатели водяного охлаждения Аллисон V-3420-11 мощностью 3000 л.с., представлявшие собой агрегат из двух 12-цилиндровых моторов V-1710. Этот самолет получил обозначение ХВ-39.
На испытаниях он показал максимальную скорость 652 км/ч на высоте 7620 м и практический потолок 10 668 м. При этом масса пустого самолета была 34 037 кг, что примерно на 3000 кг больше, чем у В-29В, а максимальная взлетная масса равнялась 47 628 кг. В серию этот самолет не передавался.
В сентябре 1943 г. фирма «Пратт-Уит-ни» предложила поставить на В-29 свои двигатели R-4160-33 «Уосп мэйджор» максимальной мощностью 3000 л.с.
В июле следующего года ВВС согласились на пробную переделку одного самолета B-29A-5-BN, получившего обозначение ХВ-44. С него сняли все пулеметные установки, кроме кормовой с двумя пулеметами. Масса пустого самолета — 34 036 кг, а максимальная взлетная равнялась 47 628 кг.
Первый полет ХВ-44 совершил в мае 1945 г. Во время летных испытаний он достиг максимальной скорости 631 км/ч. При максимальном запасе топлива и крейсерской скорости 454 км/ч машина имела дальность 3862 км. Но в серийное производство эту модификацию не запустили.