Первый и второй экземпляры ХВ-29, все УВ-29 и первые серийные В-29 имели стандартную маскировочную окраску, сочетавшую сверху и с боков оливково-зеленый цвет (Olive drab), а снизу — светло-серый (Neutral grey). В конце декабря 1943 г. окраску тяжелых бомбардировщиков отменили. Самолеты оставались в естественном цвете алюминия. Летом 1945 г. на некоторых машинах 315-го крыла нижние поверхности покрыли матовой черной краской. На фюзеляже линия раздела цветов шла примерно посередине, иногда ее выполняли волнистой.
Бомбардировщики несли комплект национальных опознавательных знаков, введенных 17 сентября 1943 г. Белые звезды на фоне синего круга с белыми прямоугольниками слева и справа наносились на хвостовую часть фюзеляжа с обеих сторон, на правое крыло — сверху и левое — снизу. Расположение знаков на фюзеляже у разных заводов немного отличалось. Так, в Уичите и Омахе ось знака была наклонена примерно на 1,5° относительно оси самолета.
На киле знаками высотой 380 мм изображался войсковой номер самолета с отбрасыванием первой цифры. Например, вместо 42-6418 писалось 26418. Шрифт — стандартного образца.
Крылья (дивизии) имели обозначения в виде геометрических фигур, рисовавшихся на вертикальном оперении, например, 314-е крыло — черный сплошной квадрат. Группы обозначались буквами. В большинстве случаев буквы вписывались внутри фигуры, но у 73-го и 313-го крыльев их писали выше ее. В конце войны на самолетах 73-го крыла черный контурный квадрат изображать перестали, зато нанесли на вертикальное оперение огромные черные буквы. 509-я смешанная группа имела обозначение в виде черной стрелы, вписанной в черную окружность. Позднее с целью маскировки эту эмблему стали заменять фальшивыми обозначениями других групп.
Эскадрильи выделялись определенными цветами рулей направления, полос на фюзеляже или «шапочек» на верхушке киля. Тактические номера самолетов обычно наносили черной краской шрифтом стандартного образца на хвостовую часть фюзеляжа с обеих сторон.
Для 1-й эскадрильи выделялись числа от 1 до 20, для 2-й — от 21 до 40, для 3-й — от 41 до 60. В 73-м и 313-м крыльях пользовались номерами, нанесенными на корневой части киля, ниже войскового номера.
Машины командиров подразделений иногда выделялись черными полосами на форкиле, в 313-м крыле — черно-желто-черной лентой, обхватывающей хвостовую часть фюзеляжа.
Большинство В-29 несло также личные эмблемы экипажей или неофициальные собственные названия. На левом борту под остеклением кабины часто указывали количество боевых вылетов в виде полосок или маленьких изображений бомб. Число сбитых истребителей противника обозначали маленькими японскими флажками.